《XL司令》第一季是一部科幻与军事题材的硬核动作漫画，设定在近未来，人类在太阳系边缘发现了名为“XL”的神秘外星遗迹，并因此遭受了名为“虫群”的异星生物袭击。为了对抗虫群，人类组建了“地球联合军”，并利用遗迹科技开发出巨型人形兵器“XL战机”。故事主角是一位被冠以“XL司令”之名的王牌驾驶员林渡，他拥有与XL战机超高的同步率，却因过去的阴影而冷漠孤僻。在与战友们的并肩作战中，他将逐渐揭开XL遗迹、虫群来源以及自己身世的惊天秘密。
在第一季的最终决战中，林渡的XL战机被虫群母皇重创，濒临解体。在生死关头，林渡与战机核心产生了前所未有的共鸣，机体爆发出璀璨的金色光芒，进化成了全新的“XL·神谕形态”，一击贯穿了母皇的核心，为太阳系带来了暂时的和平。
史无前例的虫群大军突破了火星防线，直扑地球。林渡与战友们在地标性城市“新上海”的上空展开殊死防卫。为了保护下方的百万民众，林渡的XL战机硬抗了虫群自爆攻击，机身严重受损。
在木星轨道上的一场遭遇战中，为了给林渡创造攻击机会，他最好的战友驾驶战机挡下了致命的虫群射线，机体在空中化为火球。林渡第一次在战斗中失控暴走，单枪匹马屠戮了整支虫群舰队，战后他却陷入了深深的自责与沉默。
林渡在连续高强度作战后，与XL战机的同步率出现了剧烈波动，导致机体在战斗中失控，险些误伤友军。军方派出心理医生对他进行评估，却意外触发了林渡被尘封的、关于XL遗迹的童年记忆碎片。
训练结束后不久，火星殖民地的预警系统便探测到大规模虫群入侵。林渡临危受命，作为预备队紧急出击。这是他第一次真正面对虫群，在血与火的战场上，他凭借超乎常人的反应速度，成功击退了数波小型虫群的攻击。
故事开始，刚从军校毕业的天才少年林渡，被直接编入地球联合军最神秘的王牌部队——“XL战机中队”。初来乍到的他，因超高同步率天赋遭到了老牌飞行员们的质疑，而中队长只给了他一句话：“上机，用实力说话。”